¿Se puede pasar una factura negativa por IVA repercutido sin que sea obligatorio que la serie de IVA sea rectificativa?

Sí, se puede hacer una factura negativa en una serie de IVA normal.

Para pasar la factura por registro de IVA se hará desde el menú IVA / Repercutido / Registro y simplemente habrá que introducir el importe en la base que le corresponda y en negativo.